第一、两者的投资主体基本相同。两者的投资主体只能是自然人(公民)，而不能是法人或其他组织。
第二、个人独资企业与个体工商户对投入的资产都实行申报制，不需要经过法定的验资机构验资。由于两者都承担无限责任，因此也不强调对作为出资的实物、工业产权、非专利技术和土地使用权的实际缴付。
第三、两者承担法律责任的形式相同，都必须以个人或家庭财产承担无限责任。如果以出资方式分，个体工商户可分为个人经营和家庭经营两种形式;而个人独资企业也可以分为以个人财产出资的个人独资企业和以家庭财产出资的个人独资企业。在责任承担上，以个人财产出资的个人独资企业或个体工商户都以个人财产承担无限责任。以家庭财产出资的个人独资企业或个体工商户都以家庭财产承担无限责任。
第四、作为一种经济组织，个人独资企业与个体工商户均须有必要的资金、场所、从业人员及生产经营条件。这也是个体工商户与个人独资企业作为市场主体进入市场的必要条件。
此外，个人独资企业与个体工商户在商标使用主体及广告宣传策略等方面也具有很多的相同点。
第一、个人独资企业必须要有固定的生产经营场所和合法的企业名称，而个体工商户可以不起字号名称，也可以没有固定的生产经营场所而流动经营。换句话说，合法的企业名称和固定的生产经营场所是个人独资企业的成立要件，但不是个体工商户的成立要件。
第二、个体工商户的投资者与经营者是同一人，都必须是投资设立个体工商户的自然人。而个人独资企业的投资者与经营者可以是不同的人，投资人可以委托或聘用他人管理个人独资企业事务。也就是说，个人独资企业的所有权与经营权是可以分离的，这就决定了个人独资企业更符合现代企业制度的特征。而个体工商户的所有权与经营权是集于投资者一身的，已不能适应于现代企业制度发展的要求，所以它只能适用于小规模的经营主体。
第三、个人独资企业可以设立分支机构，也可以委派他人作为个人独资企业分支机构负责人。这一规定，说明了个人独资企业不但可以在登记管理机关辖区内设立分支机构，也可以在异地设立分支机构，由设立该分支机构的个人独资企业承担责任。而个体工商户根据规定不能设立分支机构。另一方面个体工商户虽然可以异地经营，但随着各地近几年相继简化了外来人员的登记手续，从而使个体工商户的异地经营这一规定逐渐淡化。由此可以看出，个人独资企业的总体规模一般大于个体工商户。
第四、个人独资企业与个体工商户的法律地位不尽相同。在民事、行政、经济法律制度中个人独资企业是其他组织或其它经济组织的一种形式，能以企业自身的名义进行法律活动。而个体工商户是否能够作为其它组织或其它经济组织的一种形式，一直是国内民法学家的争论对象。在日常法律活动中，个体工商户的法律行为能力往往受到一定的限制，更多的时候，个体工商户是以公民个人名义进行法律活动的。事实上，国内就有许多法律专家提出个体工商户不是法律意义上的企业。另外，个人独资企业与个体工商户作为市场主体参与市场经济其他活动的能力不同，如个人独资企业可以成为公司的股东，从而以企业名义享有公司股东的权利和义务，而个体工商户一般不能以企业名义作为公司股东，只能以个人投资者(自然人)身份成为公司股东。
第五、个人独资企业与个体工商户在财务制度和税收政策上的要求也不尽相同。事实上，这也是投资者较关心的问题。根据《个人独资企业法》的规定,个人独资企业必须建立财务制度，以进行会计核算。值得一提的是，个人独资企业的财务制度是个人独资企业的必备条件，不以任何部门的要求而改变。而个体工商户由于情况复杂，是否要建立会计制度争论较多，在即将实施的新《会计法》中也只作了原则规定。按照执法情况看，个体工商户可以按照税务机关的要求建立账簿，如税务部门不作要求的，也可以不进行会计核算。另外，在税收政策方面，由于我国的税收法律制度是一个相对独立的体系，它与市场主体法律制度之间没有统一的联系。税务部门认定一般纳税人和小规模纳税人的标准并不是以企业的市场主体地位不同而划分的。一般来说，个体工商户较难认定为一般纳税人，而个人独资企业如符合条件则可以认定为一般纳税人。如何把市场主体立法与税收立法有机地结合起来，是今后完善社会主义市场经济法律制度值得探讨的问题。
重点
投资主体不同
有限责任公司投资主体可以是自然人，也可以是法人；而个人独资企业的投资主体只有一个人，就是自然人。责任由自己独资承担。
法律形式不同
有限责任公司属于法定民事主体，具有法人资格，个人独资企业不具有。
设立条件不同
有限公司的出资额不得低于注册成本的30%，而个人独资企业对出资未做出任何强制规定。
税收缴纳规定不同
有限责任公司为查账征收，需要缴纳增值税，企业所得税，提现时的个人分红所得税，个人独资企业为核定征收，需要缴纳增值税，核定后的个人所得税（0.5-1.75），提现不需要缴纳任何税。
投资者承担责任不同
有限责任公司股东以认缴的出资额为限承担“有限责任”，个人独资企业的投资人以其个人资产对公司承担无限责任。
财务核算要求不同
一人有限公司应当在每年年度终了时编制财务会计报告，并由会计事务所审计。个人独资企业则只需依法设置会计账簿来进行会计核算，无需经会计事务所审计。
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